1.合成膜脂
大多數膜脂是完全在內質網中合成的，例外的情況包括：
①鞘磷脂是在內質網上開始合成的，但完成于高爾基體；
②某些線粒體和葉綠體獨有的膜脂是駐留在這些細胞器中的酶催化合成的。ER合成的膜脂以膜泡運輸的方式轉運至高爾基體，溶酶體和質膜上，或借磷脂轉移蛋白（phospholipid transfer protein，PTP）形成水溶性復合物，轉至其他膜上。
2.解毒作用
SER中的p450酶系屬于單加氧酶（monooxygenase），又稱為多功能氧化酶 (mixed function oxidase)、羥化酶(hydroxylase)，因其還原態的吸收峰在450nm處，故此命名。主要分布在SER中，但也存在于質膜、線粒體、高爾基體、過氧化物酶體、核膜等細胞器的膜中，具有解毒作用，通常可將脂溶性有毒物質，代謝為水溶性物質，使有毒物質排出體外。有時也會將致癌物代謝為活性致癌物。p450種類繁多，但都是與其他輔助成分組成一個呼吸鏈來實現其功能，呼吸鏈中的P450還原酶實際就是一種黃素蛋白。p450催化O2分子中的一個原子加到底物分子上使之羥化，另一個氧原子被NADH或NADPH提供的氫還原生成水，在此氧化過程中無高能磷酸化合物生成。
3.甾體類激素的合成
在生殖腺和腎上腺的內分泌細胞中，SER、線粒體，可能還有高爾基體上的一些酶共同參與甾體類激素的合成。
4.調節血糖濃度
使葡糖6-磷酸水解為磷酸和葡萄糖，釋放糖至血液中。細胞中的糖元可被酶轉化為葡糖1-磷酸，再轉變為葡糖6-磷酸，但由于膜對磷酸化的糖是高度不通透的，葡糖6-磷酸只有在去磷酸化以后才能通過質膜，進入血液。
5.形成一些特殊結構
如肌細胞中的SER特化成的肌質網可儲存鈣離子，作為細胞內信號物質。
6.支撐作用
內質網是細胞內最豐富的膜，形成了一種網絡結構，提供機械支撐作用，并成為細胞質中酶附著的支架。
7.轉送作用
內質網可通過出芽來運送合成物，其中光面內質網尤為突出。