關于全基因組測序的研究結果分析介紹

　　① 全基因組測序的研究結果— NCI-H209細胞系基因組中，共檢測到22,910個堿基替換、65個插入缺失（Indels）、58個結構變異；在基因組的編碼區，除了發現RB1 和TP53基因發生點突變和MLL2基因由于發生了G>T的顛換，從而產生了pre-stop codon外，有94個點突變直接改變了氨基酸序列，有36個屬同義突變。

　　② 全基因組測序的研究結果— 特定的堿基及其周圍序列易被煙氣中的多環芳烴和丙烯醛誘變。在NCI-H209細胞系基因組中，G>T/C>A是最為普遍的顛換現象，發生頻率為34%；其次是G>A/C>T（21%）和A>G/T>C（19%）；CpG島外的CpG二核苷酸多發生G>T顛換，而CpG島內的CpG二核苷酸多發生G>C顛換，說明煙氣中的致癌物偏好引起甲基化的CpG二核苷酸發生顛換。 [3]

　　③ 全基因組測序的研究結果— 檢測到轉錄偶聯修復（Transcription-coupled repair）和表達相關的修復（Expression-linked repair）在起作用。轉錄偶聯修復作用機制：鳥嘌呤和腺嘌呤上大的加合物是吸煙過程中所釋放的致癌化學物質引起DNA損傷的主要形式，這些大的加合物阻止了轉錄鏈上RNA聚合酶的轉錄過程，而轉錄受阻的RNA聚合酶招募核苷酸剪切修復相關因子對受損的核苷酸進行修復以避免突變發生。在TP53基因突變的肺癌細胞中，G>T顛換常出現在非轉錄鏈，表明在轉錄鏈上相同的損傷已被識別和修復。在本研究中，轉錄鏈上G和A堿基替換頻率比非轉錄鏈上少，由此看來嘌呤是煙氣致癌物質主要誘變靶標。另外，在NCI-H209細胞系中，轉錄鏈和非轉錄鏈上發生不同類型的突變（G>T、A>G、A>T）兩條鏈基因表達水平也有差異，這就意味著轉錄偶聯修復機制識別、修復不同加合物損傷的能力不同。

　　表達相關的修復（Expression-linked repair）作用機制：這是一種新的、更為普遍的修復機制，即，高表達的基因中，轉錄鏈及非轉錄鏈的突變頻率都較低。在NCI-H209細胞系中，轉錄鏈和非轉錄鏈上發生G>A的突變，兩條鏈上基因表達水平都很高，這就說明表達相關的修復作用比轉錄偶聯修復作用更為重要。

　　④ 全基因組測序的研究結果— 在SCLC細胞系中，CHD7基因發生了重排。在NCI-H209細胞系中，CHD7基因3~8外顯子發生連續重復，而另外2個LU-135、NCI-H2171細胞系則攜帶PVT1-CHD7融合基因，說明在肺癌中CHD7基因發生了周期性重排。

　　以上結果表明，第二代測序技術已成為研究與癌癥相關的基因突變過程、細胞損傷修復路徑、基因調控網絡的強有力工具。