有藥敏試驗結果表明，克雷伯氏菌株對阿莫西林、氨芐西林、哌拉西林菌耐藥率較高，而對氨芐西林+舒巴坦敏感率高。對第一代頭孢菌素（頭孢唑啉）、第二代頭孢菌素（頭孢呋肟鈉）耐藥率高，第三代頭孢菌素（復達欣、頭孢曲松、頭孢氨噻肟、頭孢哌酮）則較第一代、二代頭孢菌素敏感率高，可酌情選用。對氨基甙類抗生素（阿米卡星、妥布霉素）敏感率高，但此類抗生素屬耳毒性藥物，6歲以下兒童、孕婦及50歲以上老人禁用，故不主張使用。
氧氟沙星屬喹諾酮類藥物，抗菌譜廣，對細菌突變耐藥發生率低，無質粒介導的耐藥性發生，且口服吸收快，半衰期長，使用方便，在體內分布廣，組織體液內藥物濃度高，克雷伯氏菌株對其敏感率較高，可有效地達到殺菌或抑菌水平。但氧氟沙星可抑制幼兒軟骨的生長，發生關節僵硬和肌痛等，12歲以下小兒慎用。成人使用也應掌握用藥原則，一般劑量為10-20mg（kg·d），療程一般為1-2周。
在抗生素應用之前，本病的病死率高達51%-97%，經抗生素治療后其病死率仍達20%-50%。若并發廣泛性肺壞疽，則病死率達100%。克雷伯菌敗血癥的病死率在30%-50%，并發休克或多器官功能衰竭的死亡率更高。年齡越大，預后較差。預后還與原有基礎病（如糖尿病）及其病情輕重有關。