1.B超、CT檢查
可以較好地確定囊腫大小及其部位。其診斷率較高，而且可以鑒別肝膿腫及肝臟腫瘤。B超可作為首選的檢查方法，B超如果發現可疑膽管囊腫內有囊壁增厚或結節樣改變時，應警惕癌變。
2.腹部X線檢查
囊腫大時腹部X線平片即可發現與囊腫一致的陰影以及充氣胃腸受壓移位的影像。上消化道鋇餐造影或者鋇灌腸能夠更確切的反映增大囊腫壓迫周圍臟器的情況。上消化道鋇餐造影時，可見十二指腸C型腸袢影增大，并且向前下方移位。若囊腫位于十二指腸內相當于壺腹部時，可見十二指腸變形或者充盈缺損影。鋇灌腸時可見結腸肝區向前下方移位。
3.磁共振（MRI）和磁共振膽道水成像（MRCP）
可以清晰顯示肝內外膽管、膽囊、胰管以及膽胰管匯合部，無誘發急性膽管炎和急性胰腺炎的后顧之憂，尤其是對于不適合行ERCP（內鏡逆行胰膽管造影術）的患者其診斷價值是顯而易見的，如重度黃疸、合并胰腺炎發作者、既往曾行膽腸吻合的患者等。
4.腎盂造影
可以發現由于腫大的囊腫壓迫輸尿管而導致腎盂擴大、變形，而且有利于鑒別腎臟的腫瘤、畸形以及腹膜后腫瘤。
5.選擇性腹腔動脈造影
可發現無血管腫塊影。
6.經內鏡逆行胰膽管造影（ERCP）、經皮經肝膽管造影（PTC）
不僅可以顯示囊腫部位和類型，而且可以了解整個膽管系統的情況。對于有無結石、腫瘤，以及對于胰膽管合流異常的檢查時ERCP尤為有益。當嚴重黃疸膽管炎或者ERCP失敗的情況下，可以實行PTC檢查。若在超聲引導下行PTC則更加安全可靠。
7.131碘玫瑰紅掃描
可用于小兒膽管疾病的檢查。
8.經靜脈膽管造影
由于小兒膽囊濃縮能力差，另外膽囊擴張部位的大量膽汁使之顯影不充分。故對于小兒若是使用5%葡萄糖50ml加入膽影葡胺1g靜脈點滴，膽管造影效果較佳。
9.99mTc-HTDA閃爍顯相
可顯示膽管的解剖結構和功能狀態。
10.膽管術中造影
了解整個膽管走行、擴張改變情況。