病因分先天性和后天性。
1.先天性
會厭先天性發育畸形，黏膜下形成小囊。出生后，隨著發育，小囊也逐漸擴大。里面充滿黏液，逐漸形成囊腫，即為先天性會厭囊腫。
2.后天性
喉慢性炎癥、機械刺激和創傷，引起會厭黏膜內的黏液腺出現腺管阻塞，腺體內分泌物堆積，而形成后天性會厭囊腫。常見的有潴留囊腫和表皮樣囊腫。潴留囊腫多見于會厭舌面，表皮樣囊腫多見于會厭谷中。
