1.電鏡檢查 HPV是最早在電鏡下觀察到的病毒之一，將活檢標本負染，若能在電鏡下見到特征性的病毒顆粒，即可作出診斷；而用免疫電鏡可提高檢出率。電鏡檢查法雖然準確率很高，但費時，需特殊儀器設備，且檢出陽性率很低。
2.PCR技術 應用此法可檢測HPV-DNA，還可進行基因分型。靈敏度可達1fg，該法操作簡便省時，而且標本來源不受限制，如病變組織或脫落細胞，分泌物或黏液，新鮮標本或保存已久的石蠟切片等標本均可。
3.血清學檢查 目前尚不能用血清學方法對HPV進行確診及分型。為發展型特異性血清學試驗現正在研究試用基因工程表達產生的晚期蛋白來檢測患者血清中相應的抗體。初步認為，L1和L12蛋白可用于檢測HPV型特異性免疫應答。
4.核酸雜交技術 核酸分子雜交技術不僅能對HPV進行確診，而且還能對HPV進行分型。利用放射性核素或生物標記的HPV-DNA探針來檢測患者標本中是否存在互補的核酸鏈。最常用的方法為斑點雜交法，其次為DNA印跡法及原位雜交。
5.內鏡檢查 要發現陰道、肛門及直腸、尿道等部位的生殖器疣則分別需借助陰道鏡、腸鏡以及尿道鏡等內鏡檢查，憑外觀特征進行診斷。