親和色譜分離的通常是混合在溶液中的物質,比如細胞內容物、培養基或血漿等。待分離的分子在通過色譜柱時被固定相或介質上的基團捕獲,而溶液中其他的物質可以順利通過色譜柱。然后把固態的基質取出后洗脫,目標分子即刻被洗脫下來。如果分離的目的是去除溶液中某種分子,那么只要分子能與介質結合即可,可以不必進行洗脫,再生時調整流動相將雜質洗脫。