病毒性腦膜炎80%以上由腸道病毒(包括脊髓灰質炎、柯薩奇、埃可及新型腸道病毒71型)引起。其次為腮腺炎病毒、淋巴細胞脈絡叢腦膜炎病毒、Ⅱ型單純疤疹病毒等亦較常見。水痘～帶狀皰疹病毒、EB病毒及巨細胞病毒亦可引起，但較少見。不同的病毒引起的腦膜炎臨床表現無大區別，總的來說病情多不嚴重，預后較好。病毒性腦炎仍以日本乙型腦炎病毒引起的乙腦最多見。Ⅰ型單純皰疹病毒引起則病情多較嚴重，預后差，重型者病死率高，后遺癥多。
