1.5 圖像分析 每個樣品常規進行3次二維電泳,用GS-710光密度掃描儀對電泳后的膠圖分別進行掃描,所得掃描圖像輸入計算機,采用Image-master軟件對圖像進行背景消減、蛋白質點檢測和校正,獲取蛋白質點的位置坐標和表達量等分析。選取 Ratio ≥1.5的蛋白質點認為有差異。所有數據的統計分析均采用SPSS 12.0軟件,統計學分析采用 t 檢驗。
1.6 基質輔助激光解吸電離-飛行時間質譜分析 用手術刀片切下膠上目標條帶,進行切膠、膠上胰蛋白酶酶解 20 h ,抽提酶解肽段,Zip Tip脫鹽后點樣,行基質輔助激光解吸電離-飛行時間質譜(matrix assisted laser desorption/ionization time of flight mass spectrometry, MALDI-TOF-MS)分析(飛行管長2.7 m,加速電壓 20 kV ,反射電壓23 kV)。將第1級質譜得到的肽片段質量指紋圖譜、肽質量指紋圖譜與第2級質譜得到的肽序列信息一起用來檢索蛋白質數據庫,找出匹配的蛋白質。
1.7 數據庫檢索 將質譜鑒定所得的肽質量指紋譜(peptide mass fingerprinting, PMF)數據于Bio-Works(Thermo Finnigan, San Jose, CA)軟件搜索相應的庫。搜索使用的數據庫為IPI human蛋白庫(SEQUEST結果過濾參數為:當Charge+1,Xcorr≥1.9;當Charge+2,Xcorr≥2.2;當Charge+3,Xcorr≥3.75;其中DelCN≥0.1)以及NCBI上 Homo sapiens的非冗余蛋白庫(redundant data-base)。檢索參數為胰蛋白酶解;氨基酸固定修飾方式為脲甲基半胱氨酸;模式為單同位素峰;肽片斷最大誤差控制在100 ppm;肽片斷最大分子量誤差為±0.5 Da;每個肽允許有1個不完全裂解位點。