1、加樣：全自動生化儀有自動加樣器來自動加全血盒血清。而半自動生化儀需要手工加樣。
2、樣本數：全自動生化儀每次加樣量在200-300左右。半自動生化儀則在40個。
3、測定時間：全自動生化儀測定結果時間一般為2小時，測定數目為200個樣本量，每個樣本量的檢測時間為0.6秒。半自動生化儀的每份樣本量檢測時間為5-6分鐘。
4、清洗功能：全自動生化儀有自動清洗功能。半自動生化儀需要手工清洗，易交叉污染。
5、樣本量的不同：全自動生化儀一次可多個樣本。半自動生化儀只能一次一個樣本。
6、測速的不同：全自動生化儀測速，每小時240/300測速。
7、檢測結果：全自動生化儀檢測結果*準確，也*方便。
8、配備設施：全自動生化儀本身可以調節溫度只需離心機即可。半自動生化儀必須配備離心機與恒溫水浴箱。
9、較大區別：全自動生化儀人工干預少甚至不需要人工干預，減少人為誤差。半自動生化儀需要人工干預，操作誤差比較大。