全自動氨基酸分析色譜儀分類有多種。
1、按分離目的可分：化驗室全自動氨基酸分析色譜儀和工業全自動氨基酸分析色譜儀。
2、按洗脫方式可分：等度洗脫全自動氨基酸分析色譜儀和梯度洗脫全自動氨基酸分析色譜儀。
3、按分離規模可分：小型全自動氨基酸分析色譜儀和大型全自動氨基酸分析色譜儀。
4、按產地可分：國產全自動氨基酸分析色譜儀和進口全自動氨基酸分析色譜儀。
5、按分離特點可分：全自動氨基酸分析色譜儀、高壓全自動氨基酸分析色譜儀和高速全自動氨基酸分析色譜儀。
6、按分離特征可分：高選擇性全自動氨基酸分析色譜儀、高靈敏度全自動氨基酸分析色譜儀和高分離度全自動氨基酸分析色譜儀。