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    發布時間:2020-04-21 16:52 原文鏈接: 全自動核酸電泳分析回收系統助力ccfDNA檢測研究

    循環游離DNA(circulating cell-free DNA,ccfDNA)是人及動植物體液中、在細胞外,處于游離狀態的DNA 分子。作為一種非入侵性的疾病診斷標志物,ccfDNA的檢測有望替代目前的侵入性方法,在早期實現疾病的診斷和監控。因此ccfDNA在在液體活檢領域掀起一陣新風暴。

    來源于腫瘤細胞的ccfDNA又稱為循環腫瘤DNA(Circulating cell-free DNA,ctDNA)。ctDNA含量與腫瘤進展階段密切相關,準確檢測ctDNA含量對腫瘤診斷和治療有十分重要的意義。然而相較于全部ccfDNA,血液里ctDNA的含量很少,表現為非常低的等位基因頻率。因此,通過PCR和三代測序的方法檢測超低濃度的ctDNA時,產生誤差的概率大大增加。全世界的科研工作者就如何降低這類誤差做出了許多探索。近日,美國科學家借助LightBench全自動核酸凝膠電泳成像分析回收系統,并將獨特應用發表了文獻《Automated size selection for short cell-free DNA fragments enriches for circulating tumor DNA and improves error correction during next generation sequencing》。研究指出,通過提取較短片段的ccfDNA可以提高ctDNA的基因頻率,從而實現ctDNA的富集并且減少PCR和測序結果的誤差。

    LightBench能對每個泳道電壓獨立控制,可使得從25bp至基因組大小的目標片段同時到達回收孔,從而實現全自動富集回收。基于LightBench的這一功能,研究人員對黑色素瘤患者的ccfDNA富集回收分析,分離得到了較小片段的ccfDNA,并通過后續PCR及測序證實了此方法可以準確且可重復地分離目標片段大小ccfDNA。

     

    接下來,研究人員對分離得到的較短片段的ccfDNA進行研究,對其中的目標ctDNA進行PCR擴增和測序,檢測ctDNA含量。結果顯示,較短片段的ccfDNA亞群中,ctDNA含量相對較高,實現了富集。

        

    并且,研究人員對健康患者富集后的ctDNA和未經過富集的ctDNA進行了檢測,并統計假陽性概率。結果顯示較高的ctDNA含量可以減少結果的誤差。


    綜上所述,基于LightBench全自動核酸凝膠電泳成像分析回收系統,研究人員分離得到了較短片段的ccfDNA,并實現了ctDNA的富集。從而降低腫瘤液體活檢過程中出現假陽性結果的概率,提高了腫瘤篩查和診斷準確性,大大提高了將這些研究結果轉化為臨床應用的潛力。


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