1、自身調節：免疫系統內部的免疫細胞、免疫分子的相互作用。
2、整體調節：神經內分泌系統和免疫系統的相互作用。
3、群體調節：MHC的種群適應性
免疫應答作為一種生理功能，無論是對自身成分的耐受現象，還是對“非已”抗原的排斥都是在機體的免疫調節機制的控制下進行的。免疫調節機制是維持機體內環境穩定的關鍵，如果免疫調節功能異常，對自身成分產生強烈的免疫攻擊，造成細胞破壞，功能喪失，就會發生自身免疫病。如果對外界病原微生物感染不能產生適度的反應（反應過低可造嚴重感染，反應過強則發生過敏反應），也可造成對機體的有害作用。因此，免疫調節機制不僅決定了免疫應答的發生，而且也決定了反應的強弱。這一調節作用是精細的、復雜的。調節功能是作用于免疫應答過程中的多個環節。