傅里葉變換質譜法（Fourier transform mass spectrometry,FTMS）是離子回旋共振波譜法（ion cyclotron resonance spectrometry,ICR）與現代計算機技術相結合的產物，因而又稱傅里葉變換離子回旋共振質譜法（FTICR MS）。
傅里葉變換質譜法是基于離子在均勻磁場中的回旋運動，離子的回旋頻率、半徑、速率和能量是離子質量和離子電荷及磁場強度的函數。通過一個空間均勻的射頻場（激發電場）的作用，當離子的回旋頻率與激發射頻場頻率相同（共振）時，離子將同相位加速至一較大的半徑回旋，從而產生可被接受的象電流信號。傅里葉變換法所采用的射頻范圍覆蓋了欲測定的質量范圍，所有離子同時被激發，所檢測的信號經福利葉變換處理，轉變為質譜圖。