在治療實驗中最為常見的不良事件（所有原因）為視覺障礙、發熱、皮疹、惡心、嘔吐、腹瀉、頭痛、敗血癥、周圍性水腫、腹痛以及呼吸功能紊亂。與治療有關的，導致停藥的最常見不良事件包括肝功能檢驗值增高、皮疹和視覺障礙。
關于不良反應的討論：
以下表格中的數據來源于1655例參加伏立康唑治療研究的患者。它代表了不同的人群，包括免疫功能低下的患者，例如：血液系統惡性腫瘤患者，HIV患者，以及非中性粒細胞減少的患者。但不包括健康志愿者、因同情而給予治療者和參加非治療研究的患者。這些患者中男性占62%，平均年齡為46歲（11-90歲，其中12-18歲的患者51例），白種人占78%，黑種人占10%。在最初的注冊申報資料中，561例患者伏立康唑的療程超過12周，136例療程超過6個月。表2總計了所有伏立康唑治療的研究人群，包括研究307/602和研究608，或研究305，發生率在≥2%的不良事件，以及發生率在＜2%的受到關注的不良事件。
研究307/602中，381例急性侵襲性曲霉病患者分別給予伏立康唑（196例）和兩性霉素B（185例），之后序貫以其他已市售的抗真菌藥物治療。研究608中，403例念珠菌血癥患者分別接受伏立康唑（272例）和兩性霉素B繼予氟康唑序貫治療（131例），比較兩者療效。研究305評價了伏立康唑口服（200例）和氟康唑（191例）口服治療食道念珠菌病的療效。