第一種方法是,用DNA連接酶連接具有互補粘性末端的DNA片段;
第二種方法是,用T4DNA連接酶直接將平末端的DNA片段連接起來,或是用末端脫氧核苷酸轉移酶給具平末端的DNA片段加上poly(dA)-poly(dT)尾巴之后,再用DNA連接酶將它們連接起來;
第三種方法是,先在DNA片段末端加上化學合成的銜接物或接頭,使之形成粘性末端之后,再用DNA連接酶將它們連接起來。這三種方法雖然互有差異,但共同的一點都是利用DNA連接酶所具有的連接和封閉單鏈DNA的功能。