3) m6A修飾與基因表達聯合分析
通過m6A-MeRIP-seq和RNA-seq聯合分析，文章展示了m6A修飾水平與基因表達水平間的關系，統計發現表達高的基因分組中，受m6A修飾的基因比例也更高。
4）甲基化相關酶的表達
通過qPCR檢測了兩組樣品中6個甲基化相關酶的表達，發現在高度近視白內障患者中甲基化酶METTL3表達上升，去甲基化酶FTO和 ALKBH5、識別蛋白YTHDF1和YTHDF2表達下降，暗示這些酶可能通過調節m6A修飾在高度近視中發揮影響。
文章2：老年性白內障晶狀體上皮細胞內circRNA的m6A修飾和甲基化酶
發表日期：2020.8.6
研究單位：南通大學附屬醫院眼科研究所
研究方法：m6A-MeRIP-seq，RNA-seq
樣品類型：老年白內障患者（ARC）和正常人的晶狀體上皮細胞
樣本數目：3:3
RNA量：低至500ng
文章鏈接：Identification
and Characterization of N6 -Methyladenosine CircRNAs and
Methyltransferases in the Lens Epithelium Cells From Age-Related
Cataract
文章解析：
1）circRNA甲基化位點和表達水平整體統計
文章通過對老年白內障患者和正常人的晶狀體上皮細胞進行m6A-MeRIP-seq,
檢測到circRNA中患者特有的m6A位點974個，正常人特有的m6A位點1109個，共有的位點2793個。文章展示了m6A修飾區域的motif分析，位點染色體分布，統計了帶m6A修飾的circRNA的類型、外顯子數目，比較了兩組樣品間m6A水平和circRNA表達，并針對m6A水平差異的circRNA的功能進行了GO和KEGG分析預測。
2）m6A水平和circRNA表達聯合分析
文章結合了RNA-seq，兩組學聯合分析展示了m6A水平與circRNA表達的關系。通過GO功能分析和統計學分析，進一步挖掘了m6A水平差異的circRNA可能影響ARC的功能機制。
3）m6A相關酶對ARC的影響
通過RNA-seq分析發現疾病組去甲基化酶ALKBH5甲基化酶METTL14差異表達，而FTO、METTL3和WTAP表達無顯著差異。通過UVB照射后qPCR和WB驗證到ALKBH5表達水平升高，暗示 ALKBH5與疾病組m6A修飾差異有關。