依據非等位基因相互作用的性質可以將它們歸納為：
互補基因：
若干非等位基因只有同時存在時才出現某一性狀，其中任何一個發生突變時都會導致同一突變型性狀，這些基因稱為互補基因。
異位顯性基因：
影響同一性狀的兩個非等位基因在一起時，得以表現性狀的基因稱為異位顯性基因或稱上位基因。
累加基因：
對于同一性狀的表型來講，幾個非等位基因中的每一個都只有部分的影響，這樣的幾個基因稱為累加基因或多基因。在累加基因中每一個基因只有較小的一部分表型效應，所以又稱為微效基因。相對于微效基因來講，由單個基因決定某一性狀的基因稱為主效基因。
修飾基因：
本身具有或者沒有任何表型效應，可是和另一突變基因同時存在便會影響另一基因的表現程度的基因。如果本身具有同一表型效應則和累加基因沒有區別。
抑制基因：
一個基因發生突變后使另一突變基因的表型效應消失而恢復野生型表型，稱前一基因為后一基因的抑制基因。如果前一基因本身具有表型效應則抑制基因和異位顯性基因沒有區別。
調節基因：
一個基因如果對另一個或幾個基因具有阻遏作用或激活作用則稱該基因為調節基因。調節基因通過對被調節的結構基因轉錄的控制而發揮作用。具有阻遏作用的調節基因不同于抑制基因，因為抑制基因作用于突變基因而且本身就是突變基因，調節基因則作用于野生型基因而且本身也是野生型基因。
微效多基因：
影響同一性狀的基因為數較多，以致無法在雜交子代中明顯地區分它們的類型，這些基因統稱為微效多基因或稱多基因。
背景基因型：
從理論上看，任何一個基因的作用都要受到同一細胞中其他基因的影響。除了人們正在研究的少數基因以外，其余的全部基因構成所謂的背景基因型或稱殘余基因型。