β-淀粉酶活性中心含有巰基(-SH)，因此，一些氧化劑、重金屬離子以及巰基試劑均可使其失活，而還原性的谷胱甘肽、半胱氨酸對其有保護作用。
β-淀粉酶和α-淀粉酶的最適pH值范圍基本相同，一般均在5.0~6.5左右，但β-淀粉酶的穩定性明顯低于α-淀粉酶，70℃以上一般均會失活。不同來源的β-淀粉酶穩定性也有較大差異，大豆β-淀粉酶最適作用溫度為60℃左右，大麥β-淀粉酶最適作用溫度為50~55℃，而細菌β-淀粉酶最適作用溫度一般低于50℃。
